ДИАГНОСТИКА ВИРОИДА ЛАТЕНТНОЙ МОЗАИКИ ПЕРСИКА (PLMVD) МЕТОДОМ ОТ-ПЦР

Лейла Надирова; Гульшан Станбекова; Булат Искаков; Андрей Жигайлов

doi:10.37884/3-2024/13

Аңдатпа

Вироидтар, өсімдіктердің кішкентай қоздырғыштары бүкіл әлем бойынша ауыл шаруашылығына айтарлықтай экономикалық шығын әкеледі. Қазіргі уақытта олардың әрі қарай таралуына жол бермеу үшін дер кезінде диагностикалауға көп көңіл бөлінуде. Қазақстан Республикасының аумағында алғаш рет ЕАЭО елдерінің аумағында карантиндік қоздырғыштар тізіміне енгізілген шабдалы жасырын мозайкасының қоздырғышы PLMVd viroid молекулярлық диагностикасы жүргізілді. Алматы облысынан жиналған алмұрт, шие, шабдалы және өрік жапырақтарының үлгілеріне вироидтың болуына талдау жүргізілді. Біз әзірлеген спецификалық праймерлердің қатысуымен кері транскрипциядан кейін полимеразды тізбекті реакциямен (КT-ПТР) Алматы қаласы мен Алматы облысының Қарасай ауданында өсетін шабдалы дақылының екі үлгісінде ұзындығы 338 жұп нуклеотидті ДНҚ фрагменті анықталды. ПТР өнімдері бактериялық векторға клондалды және олардың нуклеотидтер тізбегі кейіннен анықталды. Сэнгер реттілігі және BLAST талдауы зерттелген үлгілерде PLMVd нуклеин қышқылының болуын растады. Жергілікті PLMVd изоляттарының нуклеотидтер тізбегінің салыстырмалы талдауы олардың бір-біріне ұқсастығын 95,5% және басқа елдердің жарияланған нұсқаларымен 81-96% көрсетті.

viroid, PLMVd, КT-ПТР, клондау, секвенирлеу, нуклеотидтік талдау.

01 Кіріспе

Мақаланың толық мәтіні оң жақ панельде PDF форматында жүктеу үшін қолжетімді.

02 Әдебиеттер тізімі

1. Tsagris E.M., Martínez de Alba A.E., Gozmanova M., Kalantidis K. Viroids. Cell Microbiology. – 2008. - Vol. 10. – P. 2168-79. doi: 10.1111/j.1462-5822.2008.01231.x.
2. Ortolá B., Daròs J.-A. Viroids: Non-Coding Circular RNAs Able to Autonomously Replicate and Infect Higher Plants // Plants. Biology (Basel). – 2023. – Vol. 12. – P. 172. doi: 10.3390/biology12020172.
3. Надирова Л.Т., Станбекова Г.Э., Бейсенов Д.К., Искаков Б.К. Молекулярная диагностика вироида веретеновидности клубней картофеля в Республике Казахстан // Eurasian Journal of Applied Biotechnology. – 2018. – №3. doi: 10.11134/btp.3.2016.5.
4. Надирова Л.Т., Станбекова Г.Э., Искаков Б.К. Молекулярная диагностика вироидов плодовых растений // Материалы междунар. конференции «Современные проблемы молекулярной и клеточной биологии, биохимии и биотехнологии». г. Алматы, 2009 г. – С. 46.
5. Bussiere F., Quellet J., Cote F., Levesque D. and Perreault J.P. Mapping in solution shows the peach latent mosaic viroid to possess a new pseudoknot in a complex, branched secondary structure // J. Virology. – 2000. – Vol. 74. – P. 2647–2654. doi: 10.1128/jvi.74.6.2647-2654.2000.
6. Di Serio F., Flores R., Verhoeven J. T. J., Li S.-F., Pallás V., Randles J. W., Owens R. A. Current status of viroid taxonomy // Archives of Virology. - 2014. – Vol. 159. – P. 3467–3478. doi: 10.1007/s00705-014-2200-6.
7. Desvignes J.C. Different symptoms of the peach latent mosaic // Acta Phytopathologica Academia Sciencae Hungariae. – 1980. – Vol. 15. - P. 183-190. doi:17660/ActaHortic.1981.94.24.
8. Ambrós S., Llácer G., Desvignes J.C., Flores R. Peach latent mosaic and pear blister canker vi-roids: detection by molecular hybridization and relationships with specific maladies affecting peach and pear trees // Acta Horticulturae. – 1995. – Vol. 386. - P. 515–521. doi: 10.17660/actahortic.1995.386.74.
9. Ambrós S., Hernández C., Desvignes J.C., Flores R. Genomic structure of three phenotypically different isolates of peach latent mosaic viroid: implications of the existence of constraints limiting the heterogeneity of viroid quasispecies // Journal of Virology. – 1998. –Vol.7. – P. 397-406. doi: 10.1128/JVI.72.9.7397-7406.1998.
10. Ragozzino E., Faggioli F., Barba M. Development of a one tube-one step RT-PCR protocol for the detection of seven viroids in four genera: Apscaviroid, Hostuviroid, Pelamoviroid and Pospiviroid // J. Virol. Methods. – 2004. - Vol.121. – P. 25–29. doi:10.1016/j.jviromet.2004.05.012.
11. Parisi O., Lepoivre P., Jijakli M.H. Development of a quick quantitative real-time PCR for the in vivo detection and quantification of peach latent mosaic viroid // Plant Disease. – Vol. 95. – P. 137-142. doi: 10.1094/PDIS-07-10-0512.
12. Приходько Ю.Н., Живаева Т.С., Лозовая Е.Н., Шнейдер Ю.А., Каримова Е.В. Разработка методов диагностики вироида латентной мозаики персика (PLMVd) // Фитосанитария. Карантин растений – 2021. – №3. – С.47-57. doi:10.69536/FKR.2021.27.95.001.
13. Luigi M., Faggioli F. Development of quantitative real-time RT-PCR for the detection and quantification of peach latent mosaic viroid // Eur. J. Plant Pathol. – 2011. Vol. 95. – P. doi: 137–142. 10.1007/s10658-010-9738-2.
14. Boubourakas I.N., Fukuta S., Kyriakopoulou P.E. Sensitive and rapid detection of peach latent mosaic viroid by the reverse transcription loop-mediated isothermal amplification // J. Virol. Methods. - 2009. Vol. 160. – P. 63–68. doi:10.1016/j.jviromet.2009.04.021.
15. Lee H.J., Kim H.J., Lee K., Jeong R.D. Rapid detection of peach latent mosaic viroid by reverse transcription recombinase polymerase amplification // Mol Cell Probes. – 2020. Vol. 53. –P. 101627. doi: 10.1016/j.mcp.2020.101627.
16. Zhang Y., Yin J., Jiang D., Xin Y., Ding F., Deng Z., Wang G., Ma X., Li F., Li G., Li M., Li S., Zhu S. A universal oligonucleotide microarray with a minimal number of probes for the detection and identification of viroids at the genus level // PLoS One. – 2013. – Vol. 8, 5 e64474. doi: 10.1371/journal.pone.0064474.
17. Долгих С., Кабылбекова Б. Перспективы производства сертифицированного посадочного материала плодовых культур в казахстане // Izdenister Natigeler. -2023.- №2 (98). - С. 133–143. doi: 10.37884/2-2023/1.
18. Li R., Mock R., Huang Q., Abad J., Hartung J., Kinard G. A reliable and inexpensive method of nucleic acid extraction for the PCR-based detection of diverse plant pathogens // J Virol Methods. – 2008. – Vol. 154. – P. 48-55. doi: 10.1016/j.jviromet.2008.09.008.
19. Zhou M-Y., Gomez-Sanchez C.E. Universal TA Cloning // Current Issues in Molecular Biology. – 2000. – Vol. 2. – P.1-7. doi.org/10.21775/cimb.002.001.

Дәйексөз келтіру сілтемелері

[1]2024. KT-ПТР АРҚЫЛЫ ШАБДАЛЫ ЖАСЫРЫН МОЗАИКАЛЫҚ ВИРОИДТЫ (PLMVD) ДИАГНОСТИКАСЫ. Izdenister natigeler. 3(103) (Sep. 2024), 114–123. DOI:https://doi.org/10.37884/3-2024/13.

(1)KT-ПТР АРҚЫЛЫ ШАБДАЛЫ ЖАСЫРЫН МОЗАИКАЛЫҚ ВИРОИДТЫ (PLMVD) ДИАГНОСТИКАСЫ. Izdenister natigeler 2024, No. 3(103), 114-123. https://doi.org/10.37884/3-2024/13.

KT-ПТР АРҚЫЛЫ ШАБДАЛЫ ЖАСЫРЫН МОЗАИКАЛЫҚ ВИРОИДТЫ (PLMVD) ДИАГНОСТИКАСЫ. (2024). Izdenister Natigeler, 3(103), 114-123. https://doi.org/10.37884/3-2024/13

KT-ПТР АРҚЫЛЫ ШАБДАЛЫ ЖАСЫРЫН МОЗАИКАЛЫҚ ВИРОИДТЫ (PLMVD) ДИАГНОСТИКАСЫ. Izdenister natigeler, [S. l.], n. 3(103), p. 114–123, 2024. DOI: 10.37884/3-2024/13. Disponível em: https://natsus.kaznaru.edu.kz/index.php/research/article/view/687. Acesso em: 15 sep. 2026.

“KT-ПТР АРҚЫЛЫ ШАБДАЛЫ ЖАСЫРЫН МОЗАИКАЛЫҚ ВИРОИДТЫ (PLMVD) ДИАГНОСТИКАСЫ”. 2024. Izdenister Natigeler, no. 3(103) (September): 114-23. https://doi.org/10.37884/3-2024/13.

“KT-ПТР АРҚЫЛЫ ШАБДАЛЫ ЖАСЫРЫН МОЗАИКАЛЫҚ ВИРОИДТЫ (PLMVD) ДИАГНОСТИКАСЫ” (2024) Izdenister natigeler, (3(103), pp. 114–123. doi:10.37884/3-2024/13.

[1]“KT-ПТР АРҚЫЛЫ ШАБДАЛЫ ЖАСЫРЫН МОЗАИКАЛЫҚ ВИРОИДТЫ (PLMVD) ДИАГНОСТИКАСЫ”, Izdenister natigeler, no. 3(103), pp. 114–123, Sep. 2024, doi: 10.37884/3-2024/13.

“KT-ПТР АРҚЫЛЫ ШАБДАЛЫ ЖАСЫРЫН МОЗАИКАЛЫҚ ВИРОИДТЫ (PLMVD) ДИАГНОСТИКАСЫ”. Izdenister Natigeler, no. 3(103), Sept. 2024, pp. 114-23, https://doi.org/10.37884/3-2024/13.

“KT-ПТР АРҚЫЛЫ ШАБДАЛЫ ЖАСЫРЫН МОЗАИКАЛЫҚ ВИРОИДТЫ (PLMVD) ДИАГНОСТИКАСЫ”. Izdenister natigeler, no. 3(103) (September 30, 2024): 114–123. Accessed September 15, 2026. https://natsus.kaznaru.edu.kz/index.php/research/article/view/687.

1.KT-ПТР АРҚЫЛЫ ШАБДАЛЫ ЖАСЫРЫН МОЗАИКАЛЫҚ ВИРОИДТЫ (PLMVD) ДИАГНОСТИКАСЫ. Izdenister natigeler [Internet]. 2024 Sep. 30 [cited 2026 Sep. 15];(3(103):114-23. Available from: https://natsus.kaznaru.edu.kz/index.php/research/article/view/687

1.KT-ПТР АРҚЫЛЫ ШАБДАЛЫ ЖАСЫРЫН МОЗАИКАЛЫҚ ВИРОИДТЫ (PLMVD) ДИАГНОСТИКАСЫ. Izdenister natigeler. 2024;(3(103):114-123. doi:10.37884/3-2024/13

[1] 1. Tsagris E.M., Martínez de Alba A.E., Gozmanova M., Kalantidis K. Viroids. Cell Microbiology. – 2008. - Vol. 10. – P. 2168-79. doi: 10.1111/j.1462-5822.2008.01231.x.

[2] 2. Ortolá B., Daròs J.-A. Viroids: Non-Coding Circular RNAs Able to Autonomously Replicate and Infect Higher Plants // Plants. Biology (Basel). – 2023. – Vol. 12. – P. 172. doi: 10.3390/biology12020172.

[3] 3. Надирова Л.Т., Станбекова Г.Э., Бейсенов Д.К., Искаков Б.К. Молекулярная диагностика вироида веретеновидности клубней картофеля в Республике Казахстан // Eurasian Journal of Applied Biotechnology. – 2018. – №3. doi: 10.11134/btp.3.2016.5.

[4] 4. Надирова Л.Т., Станбекова Г.Э., Искаков Б.К. Молекулярная диагностика вироидов плодовых растений // Материалы междунар. конференции «Современные проблемы молекулярной и клеточной биологии, биохимии и биотехнологии». г. Алматы, 2009 г. – С. 46.

[5] 5. Bussiere F., Quellet J., Cote F., Levesque D. and Perreault J.P. Mapping in solution shows the peach latent mosaic viroid to possess a new pseudoknot in a complex, branched secondary structure // J. Virology. – 2000. – Vol. 74. – P. 2647–2654. doi: 10.1128/jvi.74.6.2647-2654.2000.

[6] 6. Di Serio F., Flores R., Verhoeven J. T. J., Li S.-F., Pallás V., Randles J. W., Owens R. A. Current status of viroid taxonomy // Archives of Virology. - 2014. – Vol. 159. – P. 3467–3478. doi: 10.1007/s00705-014-2200-6.

[7] 7. Desvignes J.C. Different symptoms of the peach latent mosaic // Acta Phytopathologica Academia Sciencae Hungariae. – 1980. – Vol. 15. - P. 183-190. doi:17660/ActaHortic.1981.94.24.

[8] 8. Ambrós S., Llácer G., Desvignes J.C., Flores R. Peach latent mosaic and pear blister canker vi-roids: detection by molecular hybridization and relationships with specific maladies affecting peach and pear trees // Acta Horticulturae. – 1995. – Vol. 386. - P. 515–521. doi: 10.17660/actahortic.1995.386.74.

[9] 9. Ambrós S., Hernández C., Desvignes J.C., Flores R. Genomic structure of three phenotypically different isolates of peach latent mosaic viroid: implications of the existence of constraints limiting the heterogeneity of viroid quasispecies // Journal of Virology. – 1998. –Vol.7. – P. 397-406. doi: 10.1128/JVI.72.9.7397-7406.1998.

[10] 10. Ragozzino E., Faggioli F., Barba M. Development of a one tube-one step RT-PCR protocol for the detection of seven viroids in four genera: Apscaviroid, Hostuviroid, Pelamoviroid and Pospiviroid // J. Virol. Methods. – 2004. - Vol.121. – P. 25–29. doi:10.1016/j.jviromet.2004.05.012.

[11] 11. Parisi O., Lepoivre P., Jijakli M.H. Development of a quick quantitative real-time PCR for the in vivo detection and quantification of peach latent mosaic viroid // Plant Disease. – Vol. 95. – P. 137-142. doi: 10.1094/PDIS-07-10-0512.

[12] 12. Приходько Ю.Н., Живаева Т.С., Лозовая Е.Н., Шнейдер Ю.А., Каримова Е.В. Разработка методов диагностики вироида латентной мозаики персика (PLMVd) // Фитосанитария. Карантин растений – 2021. – №3. – С.47-57. doi:10.69536/FKR.2021.27.95.001.

[13] 13. Luigi M., Faggioli F. Development of quantitative real-time RT-PCR for the detection and quantification of peach latent mosaic viroid // Eur. J. Plant Pathol. – 2011. Vol. 95. – P. doi: 137–142. 10.1007/s10658-010-9738-2.

[14] 14. Boubourakas I.N., Fukuta S., Kyriakopoulou P.E. Sensitive and rapid detection of peach latent mosaic viroid by the reverse transcription loop-mediated isothermal amplification // J. Virol. Methods. - 2009. Vol. 160. – P. 63–68. doi:10.1016/j.jviromet.2009.04.021.

[15] 15. Lee H.J., Kim H.J., Lee K., Jeong R.D. Rapid detection of peach latent mosaic viroid by reverse transcription recombinase polymerase amplification // Mol Cell Probes. – 2020. Vol. 53. –P. 101627. doi: 10.1016/j.mcp.2020.101627.

[16] 16. Zhang Y., Yin J., Jiang D., Xin Y., Ding F., Deng Z., Wang G., Ma X., Li F., Li G., Li M., Li S., Zhu S. A universal oligonucleotide microarray with a minimal number of probes for the detection and identification of viroids at the genus level // PLoS One. – 2013. – Vol. 8, 5 e64474. doi: 10.1371/journal.pone.0064474.

[17] 17. Долгих С., Кабылбекова Б. Перспективы производства сертифицированного посадочного материала плодовых культур в казахстане // Izdenister Natigeler. -2023.- №2 (98). - С. 133–143. doi: 10.37884/2-2023/1.

[18] 18. Li R., Mock R., Huang Q., Abad J., Hartung J., Kinard G. A reliable and inexpensive method of nucleic acid extraction for the PCR-based detection of diverse plant pathogens // J Virol Methods. – 2008. – Vol. 154. – P. 48-55. doi: 10.1016/j.jviromet.2008.09.008.

[19] 19. Zhou M-Y., Gomez-Sanchez C.E. Universal TA Cloning // Current Issues in Molecular Biology. – 2000. – Vol. 2. – P.1-7. doi.org/10.21775/cimb.002.001.