ДИАГНОСТИКА ВИРОИДА ЛАТЕНТНОЙ МОЗАИКИ ПЕРСИКА (PLMVD) МЕТОДОМ ОТ-ПЦР

Лейла Надирова; Гульшан Станбекова; Булат Искаков; Андрей Жигайлов

doi:10.37884/3-2024/13

Аннотация

Вироиды, мельчайшие растительные патогены, наносят значительный экономический ущерб сельскому хозяйству во всем мире. В настоящее время большое внимание уделяется их своевременной диагностике с целью предотвращения их дальнейшего распространения. Впервые на территории Республики Казахстан была проведена молекулярная диагностика вироида PLMVd – возбудителя латентной мозаики персика, входящего в перечень карантинных патогенов на территории стран ЕАЭС. Образцы листьев груш, вишен, персиков и абрикосов, собранных в Алматинской области, были проанализированы на присутствие вироида. Обратная транскрипция с последующей полимеразной цепной реакцией (ОТ-ПЦР) в присутствии разработанных нами специфичных праймеров, выявила в двух образцах персика, произрастающих на территории г. Алматы и Карасайском районе Алматинской области, ДНК-фрагмент длиной 338 пар нуклеотидов. ПЦР-продукты были клонированы в бактериальный вектор с последующим определением их нуклеотидной последовательности. Секвенирование по Сэнгеру и проведенный BLAST-анализ подтвердили присутствие нуклеиновой кислоты PLMVd в изучаемых образцах. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей местных изолятов PLMVd показал их сходство между собой на 95,5% и на 81-96% с опубликованными вариантами из других стран.

вироид, PLMVd, ОТ-ПЦР, клонирование, секвенирование, нуклеотидный анализ.

01 Введение

Полный текст статьи доступен для скачивания в формате PDF на панели справа.

02 Список литературы

1. Tsagris E.M., Martínez de Alba A.E., Gozmanova M., Kalantidis K. Viroids. Cell Microbiology. – 2008. - Vol. 10. – P. 2168-79. doi: 10.1111/j.1462-5822.2008.01231.x.
2. Ortolá B., Daròs J.-A. Viroids: Non-Coding Circular RNAs Able to Autonomously Replicate and Infect Higher Plants // Plants. Biology (Basel). – 2023. – Vol. 12. – P. 172. doi: 10.3390/biology12020172.
3. Надирова Л.Т., Станбекова Г.Э., Бейсенов Д.К., Искаков Б.К. Молекулярная диагностика вироида веретеновидности клубней картофеля в Республике Казахстан // Eurasian Journal of Applied Biotechnology. – 2018. – №3. doi: 10.11134/btp.3.2016.5.
4. Надирова Л.Т., Станбекова Г.Э., Искаков Б.К. Молекулярная диагностика вироидов плодовых растений // Материалы междунар. конференции «Современные проблемы молекулярной и клеточной биологии, биохимии и биотехнологии». г. Алматы, 2009 г. – С. 46.
5. Bussiere F., Quellet J., Cote F., Levesque D. and Perreault J.P. Mapping in solution shows the peach latent mosaic viroid to possess a new pseudoknot in a complex, branched secondary structure // J. Virology. – 2000. – Vol. 74. – P. 2647–2654. doi: 10.1128/jvi.74.6.2647-2654.2000.
6. Di Serio F., Flores R., Verhoeven J. T. J., Li S.-F., Pallás V., Randles J. W., Owens R. A. Current status of viroid taxonomy // Archives of Virology. - 2014. – Vol. 159. – P. 3467–3478. doi: 10.1007/s00705-014-2200-6.
7. Desvignes J.C. Different symptoms of the peach latent mosaic // Acta Phytopathologica Academia Sciencae Hungariae. – 1980. – Vol. 15. - P. 183-190. doi:17660/ActaHortic.1981.94.24.
8. Ambrós S., Llácer G., Desvignes J.C., Flores R. Peach latent mosaic and pear blister canker vi-roids: detection by molecular hybridization and relationships with specific maladies affecting peach and pear trees // Acta Horticulturae. – 1995. – Vol. 386. - P. 515–521. doi: 10.17660/actahortic.1995.386.74.
9. Ambrós S., Hernández C., Desvignes J.C., Flores R. Genomic structure of three phenotypically different isolates of peach latent mosaic viroid: implications of the existence of constraints limiting the heterogeneity of viroid quasispecies // Journal of Virology. – 1998. –Vol.7. – P. 397-406. doi: 10.1128/JVI.72.9.7397-7406.1998.
10. Ragozzino E., Faggioli F., Barba M. Development of a one tube-one step RT-PCR protocol for the detection of seven viroids in four genera: Apscaviroid, Hostuviroid, Pelamoviroid and Pospiviroid // J. Virol. Methods. – 2004. - Vol.121. – P. 25–29. doi:10.1016/j.jviromet.2004.05.012.
11. Parisi O., Lepoivre P., Jijakli M.H. Development of a quick quantitative real-time PCR for the in vivo detection and quantification of peach latent mosaic viroid // Plant Disease. – Vol. 95. – P. 137-142. doi: 10.1094/PDIS-07-10-0512.
12. Приходько Ю.Н., Живаева Т.С., Лозовая Е.Н., Шнейдер Ю.А., Каримова Е.В. Разработка методов диагностики вироида латентной мозаики персика (PLMVd) // Фитосанитария. Карантин растений – 2021. – №3. – С.47-57. doi:10.69536/FKR.2021.27.95.001.
13. Luigi M., Faggioli F. Development of quantitative real-time RT-PCR for the detection and quantification of peach latent mosaic viroid // Eur. J. Plant Pathol. – 2011. Vol. 95. – P. doi: 137–142. 10.1007/s10658-010-9738-2.
14. Boubourakas I.N., Fukuta S., Kyriakopoulou P.E. Sensitive and rapid detection of peach latent mosaic viroid by the reverse transcription loop-mediated isothermal amplification // J. Virol. Methods. - 2009. Vol. 160. – P. 63–68. doi:10.1016/j.jviromet.2009.04.021.
15. Lee H.J., Kim H.J., Lee K., Jeong R.D. Rapid detection of peach latent mosaic viroid by reverse transcription recombinase polymerase amplification // Mol Cell Probes. – 2020. Vol. 53. –P. 101627. doi: 10.1016/j.mcp.2020.101627.
16. Zhang Y., Yin J., Jiang D., Xin Y., Ding F., Deng Z., Wang G., Ma X., Li F., Li G., Li M., Li S., Zhu S. A universal oligonucleotide microarray with a minimal number of probes for the detection and identification of viroids at the genus level // PLoS One. – 2013. – Vol. 8, 5 e64474. doi: 10.1371/journal.pone.0064474.
17. Долгих С., Кабылбекова Б. Перспективы производства сертифицированного посадочного материала плодовых культур в казахстане // Izdenister Natigeler. -2023.- №2 (98). - С. 133–143. doi: 10.37884/2-2023/1.
18. Li R., Mock R., Huang Q., Abad J., Hartung J., Kinard G. A reliable and inexpensive method of nucleic acid extraction for the PCR-based detection of diverse plant pathogens // J Virol Methods. – 2008. – Vol. 154. – P. 48-55. doi: 10.1016/j.jviromet.2008.09.008.
19. Zhou M-Y., Gomez-Sanchez C.E. Universal TA Cloning // Current Issues in Molecular Biology. – 2000. – Vol. 2. – P.1-7. doi.org/10.21775/cimb.002.001.

Ссылки для цитирования

[1]2024. ДИАГНОСТИКА ВИРОИДА ЛАТЕНТНОЙ МОЗАИКИ ПЕРСИКА (PLMVD) МЕТОДОМ ОТ-ПЦР. Izdenister natigeler. 3(103) (Sep. 2024), 114–123. DOI:https://doi.org/10.37884/3-2024/13.

(1)ДИАГНОСТИКА ВИРОИДА ЛАТЕНТНОЙ МОЗАИКИ ПЕРСИКА (PLMVD) МЕТОДОМ ОТ-ПЦР. Izdenister natigeler 2024, No. 3(103), 114-123. https://doi.org/10.37884/3-2024/13.

ДИАГНОСТИКА ВИРОИДА ЛАТЕНТНОЙ МОЗАИКИ ПЕРСИКА (PLMVD) МЕТОДОМ ОТ-ПЦР. (2024). Izdenister Natigeler, 3(103), 114-123. https://doi.org/10.37884/3-2024/13

ДИАГНОСТИКА ВИРОИДА ЛАТЕНТНОЙ МОЗАИКИ ПЕРСИКА (PLMVD) МЕТОДОМ ОТ-ПЦР. Izdenister natigeler, [S. l.], n. 3(103), p. 114–123, 2024. DOI: 10.37884/3-2024/13. Disponível em: https://natsus.kaznaru.edu.kz/index.php/research/article/view/687. Acesso em: 15 sep. 2026.

“ДИАГНОСТИКА ВИРОИДА ЛАТЕНТНОЙ МОЗАИКИ ПЕРСИКА (PLMVD) МЕТОДОМ ОТ-ПЦР”. 2024. Izdenister Natigeler, no. 3(103) (September): 114-23. https://doi.org/10.37884/3-2024/13.

“ДИАГНОСТИКА ВИРОИДА ЛАТЕНТНОЙ МОЗАИКИ ПЕРСИКА (PLMVD) МЕТОДОМ ОТ-ПЦР” (2024) Izdenister natigeler, (3(103), pp. 114–123. doi:10.37884/3-2024/13.

[1]“ДИАГНОСТИКА ВИРОИДА ЛАТЕНТНОЙ МОЗАИКИ ПЕРСИКА (PLMVD) МЕТОДОМ ОТ-ПЦР”, Izdenister natigeler, no. 3(103), pp. 114–123, Sep. 2024, doi: 10.37884/3-2024/13.

“ДИАГНОСТИКА ВИРОИДА ЛАТЕНТНОЙ МОЗАИКИ ПЕРСИКА (PLMVD) МЕТОДОМ ОТ-ПЦР”. Izdenister Natigeler, no. 3(103), Sept. 2024, pp. 114-23, https://doi.org/10.37884/3-2024/13.

“ДИАГНОСТИКА ВИРОИДА ЛАТЕНТНОЙ МОЗАИКИ ПЕРСИКА (PLMVD) МЕТОДОМ ОТ-ПЦР”. Izdenister natigeler, no. 3(103) (September 30, 2024): 114–123. Accessed September 15, 2026. https://natsus.kaznaru.edu.kz/index.php/research/article/view/687.

1.ДИАГНОСТИКА ВИРОИДА ЛАТЕНТНОЙ МОЗАИКИ ПЕРСИКА (PLMVD) МЕТОДОМ ОТ-ПЦР. Izdenister natigeler [Internet]. 2024 Sep. 30 [cited 2026 Sep. 15];(3(103):114-23. Available from: https://natsus.kaznaru.edu.kz/index.php/research/article/view/687

1.ДИАГНОСТИКА ВИРОИДА ЛАТЕНТНОЙ МОЗАИКИ ПЕРСИКА (PLMVD) МЕТОДОМ ОТ-ПЦР. Izdenister natigeler. 2024;(3(103):114-123. doi:10.37884/3-2024/13

[1] 1. Tsagris E.M., Martínez de Alba A.E., Gozmanova M., Kalantidis K. Viroids. Cell Microbiology. – 2008. - Vol. 10. – P. 2168-79. doi: 10.1111/j.1462-5822.2008.01231.x.

[2] 2. Ortolá B., Daròs J.-A. Viroids: Non-Coding Circular RNAs Able to Autonomously Replicate and Infect Higher Plants // Plants. Biology (Basel). – 2023. – Vol. 12. – P. 172. doi: 10.3390/biology12020172.

[3] 3. Надирова Л.Т., Станбекова Г.Э., Бейсенов Д.К., Искаков Б.К. Молекулярная диагностика вироида веретеновидности клубней картофеля в Республике Казахстан // Eurasian Journal of Applied Biotechnology. – 2018. – №3. doi: 10.11134/btp.3.2016.5.

[4] 4. Надирова Л.Т., Станбекова Г.Э., Искаков Б.К. Молекулярная диагностика вироидов плодовых растений // Материалы междунар. конференции «Современные проблемы молекулярной и клеточной биологии, биохимии и биотехнологии». г. Алматы, 2009 г. – С. 46.

[5] 5. Bussiere F., Quellet J., Cote F., Levesque D. and Perreault J.P. Mapping in solution shows the peach latent mosaic viroid to possess a new pseudoknot in a complex, branched secondary structure // J. Virology. – 2000. – Vol. 74. – P. 2647–2654. doi: 10.1128/jvi.74.6.2647-2654.2000.

[6] 6. Di Serio F., Flores R., Verhoeven J. T. J., Li S.-F., Pallás V., Randles J. W., Owens R. A. Current status of viroid taxonomy // Archives of Virology. - 2014. – Vol. 159. – P. 3467–3478. doi: 10.1007/s00705-014-2200-6.

[7] 7. Desvignes J.C. Different symptoms of the peach latent mosaic // Acta Phytopathologica Academia Sciencae Hungariae. – 1980. – Vol. 15. - P. 183-190. doi:17660/ActaHortic.1981.94.24.

[8] 8. Ambrós S., Llácer G., Desvignes J.C., Flores R. Peach latent mosaic and pear blister canker vi-roids: detection by molecular hybridization and relationships with specific maladies affecting peach and pear trees // Acta Horticulturae. – 1995. – Vol. 386. - P. 515–521. doi: 10.17660/actahortic.1995.386.74.

[9] 9. Ambrós S., Hernández C., Desvignes J.C., Flores R. Genomic structure of three phenotypically different isolates of peach latent mosaic viroid: implications of the existence of constraints limiting the heterogeneity of viroid quasispecies // Journal of Virology. – 1998. –Vol.7. – P. 397-406. doi: 10.1128/JVI.72.9.7397-7406.1998.

[10] 10. Ragozzino E., Faggioli F., Barba M. Development of a one tube-one step RT-PCR protocol for the detection of seven viroids in four genera: Apscaviroid, Hostuviroid, Pelamoviroid and Pospiviroid // J. Virol. Methods. – 2004. - Vol.121. – P. 25–29. doi:10.1016/j.jviromet.2004.05.012.

[11] 11. Parisi O., Lepoivre P., Jijakli M.H. Development of a quick quantitative real-time PCR for the in vivo detection and quantification of peach latent mosaic viroid // Plant Disease. – Vol. 95. – P. 137-142. doi: 10.1094/PDIS-07-10-0512.

[12] 12. Приходько Ю.Н., Живаева Т.С., Лозовая Е.Н., Шнейдер Ю.А., Каримова Е.В. Разработка методов диагностики вироида латентной мозаики персика (PLMVd) // Фитосанитария. Карантин растений – 2021. – №3. – С.47-57. doi:10.69536/FKR.2021.27.95.001.

[13] 13. Luigi M., Faggioli F. Development of quantitative real-time RT-PCR for the detection and quantification of peach latent mosaic viroid // Eur. J. Plant Pathol. – 2011. Vol. 95. – P. doi: 137–142. 10.1007/s10658-010-9738-2.

[14] 14. Boubourakas I.N., Fukuta S., Kyriakopoulou P.E. Sensitive and rapid detection of peach latent mosaic viroid by the reverse transcription loop-mediated isothermal amplification // J. Virol. Methods. - 2009. Vol. 160. – P. 63–68. doi:10.1016/j.jviromet.2009.04.021.

[15] 15. Lee H.J., Kim H.J., Lee K., Jeong R.D. Rapid detection of peach latent mosaic viroid by reverse transcription recombinase polymerase amplification // Mol Cell Probes. – 2020. Vol. 53. –P. 101627. doi: 10.1016/j.mcp.2020.101627.

[16] 16. Zhang Y., Yin J., Jiang D., Xin Y., Ding F., Deng Z., Wang G., Ma X., Li F., Li G., Li M., Li S., Zhu S. A universal oligonucleotide microarray with a minimal number of probes for the detection and identification of viroids at the genus level // PLoS One. – 2013. – Vol. 8, 5 e64474. doi: 10.1371/journal.pone.0064474.

[17] 17. Долгих С., Кабылбекова Б. Перспективы производства сертифицированного посадочного материала плодовых культур в казахстане // Izdenister Natigeler. -2023.- №2 (98). - С. 133–143. doi: 10.37884/2-2023/1.

[18] 18. Li R., Mock R., Huang Q., Abad J., Hartung J., Kinard G. A reliable and inexpensive method of nucleic acid extraction for the PCR-based detection of diverse plant pathogens // J Virol Methods. – 2008. – Vol. 154. – P. 48-55. doi: 10.1016/j.jviromet.2008.09.008.

[19] 19. Zhou M-Y., Gomez-Sanchez C.E. Universal TA Cloning // Current Issues in Molecular Biology. – 2000. – Vol. 2. – P.1-7. doi.org/10.21775/cimb.002.001.